知识产权备案是海关依职权对侵权货物主动进行调查处理的必要前提。知识产权权利人如果事先没有向海关办理知识产权备案，海关即使发现侵权货物即将进出境，也无权主动中止其进出口并对侵权货物进行调查处理；
有助于海关及时发现侵权货物。尽管知识产权权利人备案后，发现侵权货物即将出入境时仍需向海关提出采取保护措施的申请，但是由于知识产权权利人在备案时已将有关知识产权的法律状况、联系方式、已知侵权货物进出口情况等提供给海关，使海关在发现侵权嫌疑货物时能够及时主动予以扣留，节省时间，提高办事效率；
知识产权权利人的经济负担相对减轻。知识产权权利人事先已办理知识产权海关备案的，在“主动保护”模式下，请求海关扣留侵权嫌疑货物所需提供的担保最高不超过人民币10万元。相反地，如果知识产权权利人事先未进行知识产权备案，则必须提供相当于货物等值的担保，担保金额有可能超过10万元；
减少侵权货物进出口的可能性。尽快办理知识产权备案，可以对进出口侵权货物的企业产生预警和威慑作用，促使其自觉尊重知识产权。另外，企业也可以通过查询备案，了解其承揽加工和进出口的货物是否可能构成侵权，维护企业利益。
是海关采取主动保护措施的前提条件。根据《条例》的规定，知识产权权利人如果事先没有将其知识产权向海关备案，海关发现侵权货物即将进出境，也没有权力主动中止其进出口，也无权对侵权货物进行调查处理。
有助于海关发现侵权货物。尽管根据《条例》的规定，知识产权权利人在进行备案后，仍然需要在发现侵权货物即将进出境时向有关海关提出采取保护措施的申请，但是，从实践看，海关能否发现侵权货物，主要依赖于海关对有关货物的查验。由于权利人在备案时，需要提供有关知识产权的法律状况、权利人的联系方式、合法使用知识产权情况、侵权嫌疑货物情况、有关图片和照片等情况，使海关有可能在对货物的日常监管过程中发现侵权嫌疑货物并主动予以扣留的。所以，事先进行知识产权备案，可以使权利人的合法权益得到及时的保护。

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