根据 1995 年颁布的《知识产权海关保护条例》，知识产权备案是知识产权权利人向海关寻求保护的前提条件。2003 年 12 月修订的《知识产权海关保护条例》对此进行了修改，不再要求知识产权权利人在向海关申请保护前必须进行知识产权备案。但是，对某些知识产权权利人而言，例如商标专用权权利人，备案与否有很大的差异，主要体现在：
根据《条例》的规定，知识产权权利人如果事先没有将其知识产权向海关备案，海关发现侵权货物即将进出境，也没有权力主动中止其进出口，也无权对侵权货物进行调查处理；
尽管根据《条例》的规定，知识产权权利人在进行备案后，仍然需要在发现侵权货物即将进出境时向有关海关提出采取保护措施的申请，但是，从实践看，海关能否发现侵权货物，主要依赖于海关对有关货物的查验。由于知识产权权利人在备案时，需要提供有关知识产权的法律状况、权利人的联系方式、合法使用知识产权情况、侵权嫌疑货物情况、有关图片和照片等情况，使海关有可能在日常监管过程中发现侵权嫌疑货物并主动予以扣留。所以，事先进行知识产权备案，可以使权利人的合法权益得到及时的保护；
根据海关总署有关《知识产权海关保护条例》的实施办法规定，在海关依职权保护模式下， 知识产权权利人向海关提供的担保最高不超过人民币 10 万元，同时还可以向海关总署申请总担保。如果知识产权权利人事先未进行知识产权备案，则不能享受上述待遇，必须提供与其要求扣留的货物等值的担保；
由于海关对进出口侵权货物予以没收并给予进出口企业行政处罚，尽早进行知识产权备案，可以对那些过去毫无顾忌地进出口侵权货物的企业产生警告和震慑作用，促使其自觉地尊重有关知识产权。此外，有些并非恶意出口侵权产品的企业也可能通过查询备案，了解其承揽加工和出口的货物是否可能构成侵权。