主要有两种商业秘密。
一方面，商业秘密可能涉及不符合可专利性标准的有价值信息，因此只能作为商业秘密受保护。创造性不足而不能获得专利的商业信息或生产方法（尽管后者可能符合实用新型的保护条件）即是这种情况。
另一方面，商业秘密可能涉及符合可专利性标准的发明，因此可以作为专利受到保护。在这种情况下，公司将面临选择：为发明申请专利还是将其作为商业秘密。
商业秘密的一些优点包括：
1. 商业秘密的保护不受时间限制（专利的期限一般为20年）。只要秘密未向公众披露，就可以无限期继续保持下去；
2. 商业秘密不需要注册费（尽管在某些情况下对信息保密会带来高昂的费用）；
3. 商业秘密即刻生效；并且商业秘密保护不需履行手续或进行公开。
但是，将机密商业信息作为商业秘密进行保护也存在一些具体的缺点，尤其是当信息符合可专利性标准的时候：
如果秘密包含在创新产品之中，那么其他人可以对其进行检查、拆分和分析（即“逆向工程”）并发现该秘密，从而获得使用它的权利。
商业秘密保护并不提供排他权来排除第三方出于商业目的对其使用。只有专利和实用新型才能提供此种保护。
商业秘密可被通过合法手段开发出相关信息的其他人取得专利，例如，他人独立开发出的发明。
秘密一旦公开，任何人都可以随意使用它。知悉商业秘密的人越多，对其进行保密就越困难。
商业秘密保护只在反对非法获取、使用或披露机密信息时有效。
商业秘密比专利更难维权。通常很难证明侵犯商业秘密。各国对商业秘密授予的保护水平有很大差异，但通常都很薄弱，尤其是在与专利授予的保护对比时，由于其秘密属性，商业秘密比专利更难出售和许可。
尽管专利和商业秘密可能被认为是保护发明的替换选项，但它们经常互为补充。
通常，商业秘密法在创新过程的早期阶段对专利法进行补充，它允许发明人围绕其想法开展工作，直至将想法变成可获得专利的发明。
此外，关于如何以最成功的商业方式来利用专利发明的宝贵专有技术，通常被作为商业秘密来保守。